ImageD11.peaksearcher
index
/sware/exp/fable/standalone/redhate4-a64/lib/python2.5/site-packages/ImageD11/peaksearcher.py

Script for peaksearching images from the command line
 
Uses the connectedpixels extension for finding blobs above a threshold
and the blobcorrector(+splines) for correcting them for spatial distortion
 
Defines one function (peaksearch) which might be reused

 
Modules
       
ImageD11.blobcorrector
fabio.fabioimage
fabio.file_series
glob
numpy
os
sys
time

 
Classes
       
timer

 
class timer
     Methods defined here:
__init__(self)
msg(self, msg)
tick(self, msg='')
tock(self, msg='')

 
Functions
       
correct(data_object, dark=None, flood=None)
Does the dark and flood corrections
get_options(parser)
Add our options to a parser object
peaksearch(filename, data_object, corrector, thresholds, labims)
filename  : The name of the image file for progress info    
data_object : Fabio object containing data and header 
corrector : spatial and dark/flood , linearity etc
 
thresholds : [ float[1], float[2] etc]
 
labims : label image objects, one for each threshold
peaksearch_driver(options, args)
To be called with options from command line
sqrt(...)
sqrt(x)
 
Return the square root of x.

 
Data
        reallystart = 1222250671.1038129
stop_now = False